O BANCOOB obteve autorização de funcionamento do Banco Central em 2 de julho de 1997. Completou sua diretoria em 28 de julho de 1997, quando configurou as bases da sua organização e começou, de fato, a sua gestão administrativa. Iniciou suas atividades operacionais em 1º de setembro de 1997, fazendo em 3 de outubro de 1997 suas primeiras operações com as Cooperativas Centrais e Singulares integrantes do novo sistema.

O modelo de funcionamento do Banco Cooperativo do Brasil S/A - BANCOOB - foi concebido sobre bases conceituais, estruturais e filosóficas sólidas e profundas. Os debates envolveram a participação de diversas lideranças do Cooperativismo de Crédito que, posteriormente, constituíram o Banco.

A articulação e integração dos diversos Sistemas Cooperativos de Crédito Regionais, que pretendiam criar o BANCOOB, culminaram na institucionalização do SICOOB - (Sistema de Cooperativas de Crédito do Brasil). Por meio deste Sistema, agem, coordenadamente, Confederação(Sicoob Brasil), Cooperativas Centrais, Cooperativas Singulares e o BANCOOB.

O BANCOOB, como instituição prestadora de serviços operacional e financeiro às Cooperativas Centrais de Crédito e de suas filiadas, administra a disponibilidade do SICOOB. Por meio do BANCOOB, a liquidez do sistema é rentabilizada no mercado financeiro, além de permitir o acesso das Cooperativas de Crédito aos programas de repasses de recursos governamentais e a futuros parceiros internacionais. O Banco também presta, através das Cooperativas de Crédito, aos seus associados, toda a gama de serviços bancários de que eles necessitam, proporcionando seu objetivo de autonomia operacional.